Янаульский район расположен в крайней северо-западной части Башкортостана, в северной подзоне лесостепей, площадь 218 тыс. га (2176 кв. км, в т. ч. г. Янаул – 23 кв. км). Территория имеет вытянутую с запада на восток конфигурацию, протяжённостью в широтном направлении — порядка 60 км, в меридианном — 40 км. Граничит на севере с Пермской областью, на западе с Удмуртской республикой, а также с Краснокамским, Татышлинским, Бураевским, Калтасинским районами РБ.

Сам город Янаул расположен в центральной части района. Расстояние до г. Уфа - 232 км.